Die Umsetzung von Förderprogrammen führt die EU KOM im Rahmen der direkten Mittelverwaltung, der geteilten Mittelverwaltung oder der indirekten Mittelverwaltung durch. In Deutschland hat das Bundesministerium des Innern und für Heimat (BMI) als Benennungsbehörde das Bundeskriminalamt (BKA) mit der Umsetzung des Förderprogramms und der Verwaltung der Fördermittel im Rahmen der geteilten Mittelverwaltung beauftragt. Diese Aufgabe wird durch das Referat IZ 16 als „Verwaltungsbehörde ISF“ unabhängig und weisungsfrei wahrgenommen.
Während in der Förderperiode 2014-2020 die Besonderheit der Aufteilung in die Teilbereiche ISF-Sicherheit und ISF-Grenze bestand, wird nunmehr der ISF ausschließlich durch das Bundeskriminalamt verwaltet, während die Bundespolizei für das Förderinstrument des Bordermanagement and Visa Instrument (BMVI) verantwortlich ist.
Im Rahmen der direkten Mittelverwaltung stellt die EU KOM selbst ebenfalls Fördermittel für den ISF zur Verfügung. Dies erfolgt durch verschiedene Maßnahmen und in von der EU KOM veröffentlichten Jahresarbeitsprogrammen sind Prioritäten und Ziele ersichtlich.