Nach Antragstellung findet eine formale Prüfung auf Förderfähigkeit (Vollständigkeit der Antragsunterlagen, Übereinstimmung der Maßnahme mit den im Nationalen Programm genannten spezifischen Zielen) durch die Verwaltungsbehörde statt. Danach erfolgt die Prüfung auf Förderwürdigkeit durch unabhängige Experten.
Nach Abschluss dieser Prüfungsschritte können Fördermittel im Wege der Kofinanzierung, also durch eine anteilmäßige Beteiligung an den Gesamtkosten, zur Verfügung gestellt werden. Die Einzelheiten dazu werden in einem für Verwaltungsbehörde und Begünstigte verbindlichen öffentlich-rechtlichen Zuwendungsvertrag niedergelegt.